Перепуганный студент, попав в лапы государственных дознавателей, быстро убедился в том, что неуместные шутки могут обернуться тюрьмой, а то и каторгой. Барков моментально решил покаяться, что и сделал с большой артистичностью и подкупающей искренностью. Раздраженные следователи буквально пинками выгнали проштрафившегося студента на улицу и погрозили напоследок при повторении инцидента отдать юношу в матросы.

Шло время. Перепуганный Барков вел себя идеально даже на взыскательный взгляд Крашенинникова, но уже через год забыл обо всех обещаниях и дал себе волю. Во время одного из своих загулов он стал зачинщиком скандала и был наконец-то высечен, по выражению ректора, «за пьянство и за ссору в ночное время». Терпение Крашенинникова наконец-то лопнуло, и он с особым удовольствием в 1751 году вышвырнул Баркова из Академии.

Однако корректор Академии Алексей Барсов выразил несогласие с решением ректора и написал в канцелярию горячее и чрезвычайно жалостливое послание, где говорил, что Барков находится «в трезвом уме и состоянии и о прежних своих продерзостях сильно сожалеет». Служащие канцелярии сжалились над вовремя раскаявшимся студентом-недоучкой и отправили его набираться знаний в типографию при Академии. Поскольку Барков ранее проявил себя умным и талантливым студентом, ему позволили продолжить обучение под личным руководством С. П. Крашенинникова, а также заниматься на уроках немецкого и французского языков.

Между тем финансовые дела Баркова шли все хуже и хуже. Ему не хватало денег не только на водку, но и на приобретение предметов первой необходимости. Озабоченный Барков решил найти себе хорошо оплачиваемую работу. Он попросил перевести его из типографии на работу в канцелярию Академии. Понимая, что служащие канцелярии никоим образом не захотят видеть в своих рядах пьяницу и скандалиста, он решил уповать на жалость официальных лиц, и в своем прошении прочувствованно написал: «А понеже в убогом моем нынешнем состоянии определенным мне жалованьем, которого годовой оклад состоит токмо в тритцати шести рублях, содержать себя никоим почти образом не можно, ибо как пищею и платьем, так и квартиры нанять чем не имею…»

Как и предполагалось, канцелярия сжалилась над предприимчивым юнцом и постановила: «…оному ученику Баркову быть впредь до усмотрения в Канцелярии Академии Наук для переписки на бело случающихся дел, нежели он худые свои проступки оставит и в порученном ему деле явится прилежен, то без прибавки жалованья оставлен не будет…»

Так желание Баркова наконец было исполнено. Крашенинников, окончательно избавившись от беспокойного подопечного, вздохнул с облегчением.

Новые обязанности Ивана, занимающего должность копииста, не показались ему обременительными, скорее наоборот. Уверовавший в свою полную безнаказанность, Иван расслабился и опять пустился во все тяжкие. Его очередная эскапада закончилась арестом и громким скандалом. Теперь власти на полном серьезе собрались отдать нашкодившего буяна в матросы, но… судьба, а в данном случае канцелярия, опять сжалилась, постановив: «Понеже ученик Иван Барков за продерзости ево содержится при канцелярии под караулом, а ныне он в виностях своих признавается и впредь обещает поступать добропорядочно… да и для наступающего праздника Стыя Пасхи, из-под караула его свободить». А вот следующие строки постановления могли удивить кого угодно: «…и к производимому ево нынешнему жалованью к 36-ти рублям прибавить ему еще четырнадцать рублей…» Однако руководство канцелярии все же разумно решило подстраховаться и вписало в постановление предостережение, где говорилось о том, что если Барков будет повторять свои «продерзости», он «непременно отослан будет в матросскую вечную службу».

Прочитав постановление, Иван не на шутку задумался. Бросить пить и куролесить представлялось ему делом решительно невозможным, однако следить за собой получше было совершенно необходимо. Поэтому обеспокоенный Барков решил вплотную заняться работой, чтобы как можно больше занять свое время. И опять судьба пошла ему навстречу – у него появилась возможность поближе познакомиться с М. В. Ломоносовым, к которому чаще всего посылали молодого человека для снятия копий и переписки документов.

Ломоносов, уже давно упрашивающий Академию выделить ему помощника «для употребления по бумажным делам», искренне обрадовался присланному канцелярией Баркову. Тот, решивший стать идеальным переписчиком и панически боявшийся ссылки на корабль, некоторое время вел себя более чем прилично. Он не дерзил, послушно выполнял все распоряжения ученого и терпеливо избегал скандальных ситуаций. Ломоносов не мог нарадоваться на столь старательного и послушного подопечного, о чем незамедлительно сообщил в канцелярию, сопроводив записку благодарностью. Чиновники, немало удивленные таким поворотом событий, недоуменно жали плечами и оставили все как есть.

В этот период Иван старательно переписал «Древнюю российскую историю», написанную самим Ломоносовым, и всю «Российскую грамматику», а также скопировал Радзивилловскую летопись Нестора. На первый взгляд скучноватый процесс переписывания летописей и документов был для Баркова очень увлекательным в основном по причине того, что его работа сопровождалась красочными, эмоциональными и подробными комментариями Ломоносова, охотно занимавшегося с бывшим студентом.

При помощи Михаила Васильевича Барков приобрел ценный опыт исторического исследования и обширные знания по источниковедению. Чтобы скомпоновать свои новые знания, Иван самостоятельно написал свою первую научную работу, которая называлась «Краткая российская история». Она вышла в 1762 году и была высоко оценена Г. Ф. Миллером, который написал и опубликовал свою рецензию в известном научном журнале «Ежемесячные сочинения и известия о ученых делах».

Миллер по достоинству оценил работу И. С. Баркова, сказав, что собранные, проанализированные и предложенные им факты гораздо более точные, чем приведенные в работе Вольтера «Истории Российской империи при Петре Великом».

Однако из-за сотрудничества с Ломоносовым Барков был все же вынужден расстаться с мечтой о прекращении практики длительных и частых запоев. Несмотря на впечатляющую репутацию и невероятный ум Ломоносова, этот ученый, так же как и Барков, с удовольствием потреблял спиртные напитки, а пребывая в сильном подпитии, выражался откровенно и неприлично. Достоверно известен факт, что Ломоносов однажды при встрече с И. Д. Шумахером, «сложив неприлично перста», демонстрировал собеседнику кукиш, сопровождая свой крайне недипломатичный жест сакраментальной фразой: «Накось, выкуси!»

Ломоносов нередко ругался со своими противниками-поэтами и, не выбирая выражений, говорил о них самые неприятные вещи, даже не догадываясь о том, что молодой Барков, слушая его, находил оправдание и собственному вульгарному поведению. Однако не только общение с Ломоносовым и попытки обуздать собственную бунтарскую натуру занимали много времени у Баркова. Вдохновленный очередной речью своего наставника, он вскоре решился взяться за Радзивилловскую летопись. Ее срочно требовалось отредактировать и подготовить к печати. Впрочем, она уже была хорошо знакома Ивану, поскольку ранее он переписывал ее по просьбе Ломоносова.

Академия планировала издать российские летописи для того, чтобы ознакомить с ними не только научные круги, но и более широкий и менее просвещенный круг читателей. Полный энтузиазма Барков проводил долгие часы, склонясь над рукописными страницами так хорошо ему знакомого научного труда. К сожалению, работой руководил не он сам, а И. И. Тауберт, поэтому Ивану приходилось точно выполнять все указания своего непосредственного начальника. Тауберт приказал Баркову исправить в тексте все непонятные выражения и слова, адаптировать к новым требованиям орфографию и заполнить имеющиеся в летописях пробелы сведениями из других исторических документов.

Радзивилловская летопись была издана в 1767 году, уже после ухода Баркова с работы при Академии. Эта научная популяризованная работа была во многом неточна, в основном из-за бесконечных поправок, внесенных Таубертом, но оказала большое влияние на мировоззрение широкой публики. Она позволяла всем желающим ознакомиться с отечественной историей и подготовила россиян к восприятию других публикаций исторических и научных рукописей.