После пожара 1501 года древний собор пришел в негодность. Для сооружения нового храма по указу великого князя Василия III были присланы московские мастера, закончившие строительство к 1516 году.
Спасо-Преображенский собор представляет собой стройное здание на высоком подклете, увенчанное тремя шлемовидными главами, с открытой галереей на западном фасаде. В его облике заметно влияние построек Московского Кремля конца XV – начала XVI веков. В интерьере храма сохранились росписи 1563-1564 годов множества работ московских и ярославских мастеров. Исследователи отмечают богатство сюжетов и мастерство исполнения. Особым разнообразием и изяществом рисунка отличаются орнаменты "полотенец" в нижнем ярусе росписей, напоминающие гравюру на металле.
Одновременно со строительством Спасо-Преображенского собора возводились укрепления монастыря. От первоначальной крепости сохранились Святые ворота на южной стене (1516 год, с позднейшими перестройками), служившие в древности главным въездом в монастырь. Это сложное сооружение, включало крепостную башню с двумя проездами и укрепленным двориком (почти полностью разобран в XVIII веке), надвратную церковь и дозорную башню-часозвонню, которая была надстроена в 1620-х годах. В 1564 году своды проездных арок были расписаны фресками на тему Апокалипсиса. По остаткам живописи, таким, как фигуры трубящих ангелов, можно догадываться о ее былом великолепии.
Современна собору и трапезная. Это одно из наиболее монументальных сооружений такого рода в русском зодчестве первой половины XVI века. Мощь постройки подчеркивают широкие лопатки, членящие стены, и окна, углубленные в тройные ниши. Внутри своды опираются на мощные столбы (своды второго этажа восстановлены в 1950-х годах).
В конце XVI века с запада к трапезной было пристроено здание Настоятельских покоев, богато украшенное наличниками и сложным профилированным карнизом. Видимо, тогда же, судя по рисунку наличников, была сооружена или перестроена Рождественская церковь при трапезной. Верхний этаж церкви искажен переделками XIX века. В XVI столетии была построена и первоначальная звонница, частично вошедшая в постройку XVII века, на восточном фасаде которой хорошо видны следы кокошников, завершавших древнее здание.
В событиях Смутного времени начала XVII века Спасский монастырь с его каменной крепостью был одним из главных узлов обороны города. В XVII веке стены и башни были обновлены и перестроены. В 1623 году была сооружена северо-западная Богородская башня, в 1635-м – северо-восточная Угличская, служившая одновременно и городскими воротами. Несмотря на сравнительно небольшую высоту, эти квадратные башни, снабженные четырьмя рядами бойниц и увенчанные остроконечными шатрами, придают монастырю вид настоящей крепости.
Во второй половине XVII века на территории монастыря параллельно северо-восточной стене были возведены двухэтажные корпуса келий. Звонница была расширена пристройкой с южной стороны и надстроена площадкой звона, завершавшейся двумя шатрами. С севера к собору пристроили закрытую паперть с палаткой, где размещалась монастырская библиотека, среди книг которой хранился сборник, содержавший величайшее творение древнерусской литературы – "Слово о полку Игореве".
Превращение монастыря в 1787 году в архиерейский дом – резиденцию архиепископов, переведенную из Ростова в губернский город, вызвало волну переделок, нарушивших целостность ансамбля.
Значительная часть крепостных стен была перестроена в декоративную каменную ограду. На юго-восточном и юго-западном углах появились круглые башенки в ложноготическом стиле. Такое же по стилю завершение получила надстроенная в 1809-1823 годах звонница. К югу от собора была сооружена громоздкая церковь Ярославских чудотворцев (1827-1831), в северо-восточной части сохранились фрагменты древней постройки.
В 1918 году сооружения монастыря были повреждены артиллерийским обстрелом. После реставрационных работ в 1920-х и 1950-х годах многим зданиям вернули первоначальный вид.
Памятники в древней части города. На главной площади Ярославля, ранее называвшейся Ильинской, стоит один из самых прославленных памятников (русского зодчества и искусства XVII столетия – Ильинская церковь. Это сложное по композиции здание соединяет в себе главный храм во имя Ильи Пророка, небольшой северный придел, южный Покровский придел с трапезной, увенчанную шатром церковь Ризположения, колокольню, галереи, крыльца. Здание поднято на подклет. Главный храм венчается пятиглавием. В прошлом он имел позакомарное покрытие, отчего казался еще более стройным и высоким.
Ильинская церковь строилась в 1647-1650 годах на деньги известных в те времена купцов Скрипиных, владевших огромными богатствами. Скрипины не жалели денег на строительство и украшение храма и пригласили лучших мастеров, талант и труд которых дали возможность Ильинскому храму занять достойное место в истории русского зодчества и искусства. Чтобы оценить архитектурные достоинства храма, нужно не торопясь обойти его вокруг. Благодаря своему сложному, не симметричному построению здание многолико и открывается по-разному с разных точек обзора. Следует обратить внимание на узорные детали крылец, висячие гирьки, стройные пропорции ризположенского шатра и кокошники в его основании.
Внутри храм поражает каждого, впервые входящего в него, мноцветностью и пышностью убранства. Стены, арки и своды сплошь покрыты многофигурными красочными фресковыми росписями, сверкает позолотой резной иконостас, в котором находятся замечательные по своим художественным достоинствам иконы.
Фрески церкви Ильи Пророка выполнены в 1680-1681 годах знаменитыми художниками костромичами Гурием Никитиным, Силой Савиным и их сподвижниками из Костромы и Ярославля. Они посвящены деяниям пророка Ильи, именем которого названа церковь, его ученика Елисея и ряду библейских сюжетов. Росписи привлекают своей живостью и разнообразием. В них уже нет того сурового, аскетического духа, который был столь характерен для многих более ранних образцов русской монументальной живописи. Во второй половине XVII века художников начинает привлекать многоцветный земной мир, наполненный движением и разнообразными событиями. Они любят изображать жанровые сцены, бытовые детали, изобильную цветущую природу, нарядные одежды и предметы житейского обихода (колесница Неемана на западной стене), красоту человеческого труда (знаменитая композиция жатвы на южной стене храма) и т.д.
Стенопись галереи выполнена в 1682 году и дополнена в 1716-м. Здесь обращают на себя внимание фантастические сцены из Апокалипсиса, а также иллюстрации к назидательным историям, широко распространенным в то время, например, история инока Феофила, продавшего свою душу дьяволу.
Среди икон нарядного иконостаса можно увидеть превосходные живописные произведения конца XVII века – Илья Пророк, Иоанн Предтеча, где, кроме мастерски написанных главных фигур, интересны пейзажи и отдельные детали. На южной стене рядом с иконостасом висит икона Знамение новгородское. На ней следует внимательно рассмотреть различные сцены – клейма с тончайшей прорисовкой фигур и пейзажа.
Существующий резной иконостас относится к концу XVII столетия. Он выполнен в стиле барокко и является замечательным произведением декоративного искусства. С восточной стороны у столпов рядом с иконостасом находятся так называемые "моленные места" – царское и патриаршее, прекрасный образец резьбы по дереву мастеров второй половины XVII века.
В убранстве Ильинской церкви есть и многоцветные изразцы, которые, широким нарядным поясом проходят по стене храма в галерее. Сохранились и двери XVII века с металлическими деталями, украшенными орнаментом.
Таково далеко не полное описание произведений живописи и декоративно-прикладного искусства церкви Ильи Пророка, являющейся одним из филиалов Ярославского историко-архитектурного музея-заповедника. Церковь стоит в центре просторной и красивой площади, к которой лучами сходятся улицы центральной части Ярославля.