По модели Цюриха церковные преобразования произошли в других швейцарских городах. Руководили ими в Базеле священник-гуманист Иоганн Эколампадий, в Берне — реформатор Бертольд Галлер, в Сен-Галлене — литератор Иоахим Вадиан, причем магистраты этих городов поддерживали теологов-обновленцев. Стремление Цвингли провести Реформацию по всей Швейцарии встретило сопротивление горных кантонов, правители которых пытались изолировать Цюрих. На диспутах лучшие католические полемисты Иоганн Экк и Томас Мурнер требовали отлучения Цвингли, но сторонники Реформации в более развитых протестантских провинциях сплотились вокруг Цюриха. Противостояние католических и протестантских сил привело к войне, и 11 октября 1531 г. в битве при Каппеле Цвингли был убит.
Как христианский мыслитель, Цвингли считал позорным традиционную военную службу своего народа в армиях иноземных государей и призывал покончить с наемничеством швейцарцев. Однако эта его проповедь нарушала экономические интересы населения, которое не поддержало религиозных и политических начинаний Цюриха.
Военные неудачи не остановили Реформации в Цюрихе, которая была продолжена под руководством Генриха Буллингера (1504–1575). В городе удалось преодолеть католическую реакцию, новые выступления радикальных реформаторов, а также разграничить полномочия церкви и государства. Проект Цвингли создать коалицию протестантских государств против императорской династии Габсбургов не был осуществлен, поскольку не удалось достичь компромисса с Лютером, но Буллингер способствовал сплочению реформированных церквей. При нем был достигнут компромисс в трактовке евхаристии и сблизились религиозные позиции Цюриха и Женевы. «Второе гельветическое исповедание» Буллингера утвердилось также в реформированных церквах Шотландии, Венгрии и Польши.
В процессе развития Реформации посредником между швейцарскими и немецкими городами являлся Страсбург. Викарий кафедрального собора Матвей Целл проповедовал тысячам горожан учение Лютера, а руководил реформами Мартин Буцер при поддержке магистрата. В городских приходах были назначены проповедники Евангелия, учреждены школы, опубликован новый катехизис. Затем была выработана церковная конституция, утвердившая участие светских лиц в церковных структурах и обращавшая большое внимание на духовную дисциплину верующих. Гуманист Иоганн Штурм, один из организаторов протестантского образования, возглавил обучение «просвещенной набожности» в гимназии, превратившейся впоследствии в Академию.
Особая теологическая концепция Буцера получила отражение в «Исповедании четырех городов» («Confessio Tetrapolitana»), которое было оглашено на том же сейме в Аугсбурге в 1530 г., где Филипп Меланхтон представил лютеранское «Аугсбургское вероисповедание». В своей евхаристической формуле Буцер занимал промежуточную между Лютером и Цвингли позицию. Духовный и политический климат Страсбурга отличался терпимостью к представителям различных направлений Реформации и в том числе к радикальным реформаторам. Однако политическая самостоятельность Страсбурга не устраивала имперские власти, и по требованию Карла V реформатор был изгнан из Страсбурга. Эмиграция Мартина Буцера в Англию способствовала укреплению там сочувствия к Реформации на континенте. В Страсбурге же было представлено «Аугсбургское вероисповедание», что определило в дальнейшем переход официальной церкви Страсбурга на позиции лютеранской ортодоксии.
Богословские концепции и политические программы Лютера, Цвингли и Буцера отнюдь не совпадали, но они были единомышленниками в том, что вели борьбу на два фронта — с Антихристом в Риме и с еретиками в своих рядах. Воплощением ереси с точки зрения католицизма был весь протестантизм, как ортодоксальный, так и радикальный. Католики ставили в вину реформаторам иконоборческие движения в Виттенберге и Цюрихе, радикальные лозунги народных проповедников. С точки зрения Лютера, Цвингли и Буцера, а также их преемников, воплощением безбожия и ереси, гораздо более опасной, чем папизм, были выступления радикальных реформаторов.
Гражданская стойкость Лютера и первые победы над католицизмом в Германии и Швейцарии всколыхнули общественное сознание. Ожили вечные упования людей на лучшую долю, отмену не только прежней церкви, но и прежних норм жизни. В имперских городах появились проповедники, которым виделись приближение тысячелетнего царства Христа на земле, отмена отношений господства и подчинения, феодального суда, государства, семьи и собственности. Внезапно и бурно заявило о себе «левое крыло» Реформации, бунтари и общины воинствующего типа, вовлекавшиеся в массовое движение анабаптистов.
Анабаптисты (от греч. άνάβάπτιζω — опять погружать, в значении «заново крестить») — совокупность радикальных учений и сообществ в Реформации XVI в., получивших наименование «перекрещенцы» по частному положению вероучения. Они отрицали крещение младенцев, поскольку требовали сознательного принятия веры, считали членов своих сообществ избранниками Божьими, видели в государственных учреждениях воплощение абсолютного зла. Анабаптистские проповедники действовали в период Реформации в большинстве европейских городов и, как правило, подвергались беспощадным преследованиям со стороны протестантских и католических властей.
Ряд категорий населения, привлеченных идеями Реформации, придавали им не только религиозный, но и общественно-политический смысл. Так, теолог Марк Штюбнер и бюргер Николай Шторх, обратившийся к изучению Библии, пытались проповедовать в 1520 г. в саксонском г. Цвиккау в качестве новых пророков. Изгнанные из Цвиккау, они появились в Виттенберге, где проповедовали отказ от общественных увеселений и наук, брачных уз, богатств, предлагая разделить имущество между бедными. С ними вступал в контакты Томас Мюнцер (1489–1525) — вдохновитель Крестьянской войны в Германии. Для Мюнцера, бывшего католического священника, а затем лютеранского реформатора, истинным крещением был опыт обретения «внутреннего откровения» в дополнение к Писанию. Он критиковал крещение младенцев, но факты проведения им повторных крещений неизвестны. Проповеди Мюнцера призывали народ вооруженным путем устранять власть князей и священников, не признавших Реформации, ради установления Божьего царства на земле. Его учением вдохновлялась тайная «лига избранных» в Альштедте, он редактировал крестьянский «Манифест» в Мюльгаузене и был казнен во Франкенхаузене. По полемическому утверждению Лютера, Мюнцер был родоначальником анабаптизма, хотя современные исследователи не вполне согласны с этим.
В Виттенберге, пока Лютер скрывался в Вартбурге, его сподвижник Андреас Карлштадт (ок. 1480–1541) поддержал мятежных анабаптистов, а вслед за Виттенбергом революционные выступления произошли в 152 немецких городах.
Во время проведения реформ городской церкви в Цюрихе ученики Ульриха Цвингли Феликс Мантц и Конрад Гребель вступили с ним в дискуссию по поводу соответствия крещения младенцев Писанию. Они делали акцент на полном разрыве связей между церковью и государством. Среди радикальных оппонентов Цвингли были также теологи Балтазар Губмайер и Людвиг Гетцер. Балтазар Губмайер руководил вооруженными выступлениями в г. Вальдсхуте в период Крестьянской войны. Его проповеди пропагандировали «сознательную» веру, отстранение светских властей от церковных дел, подчинение христиан не светским законам, но лишь Богу.
Воинствующие проповеди Мельхиора Гофмана (1495–1543), меховщика и самоучки в богословии, были направлены против «нечестивцев» — папы и императора. Недовольные имперской политикой местные власти разрешали Гофману проповедовать в городах Прибалтики, Скандинавии, Нидерландов, долины Рейна. В 1530 г. в группе анабаптистов Страсбурга он принял повторное крещение, и его последователи ожидали начала установления «миллениума» — тысячелетнего царства Христа с центром в Страсбурге. У заключенного в тюрьму проповедника особенно много последователей было из голландцев.