Сложными и противоречивыми были взаимоотношения этой самоуправляющейся казачьей организации с царским правительством. Дон притягивал к себе беглых крестьян и холопов, становился очагом постоянного социального брожения. И это не могло не беспокоить правительство. К тому же своевольные набеги казаков на Крым, Турцию, Персию путали внешнеполитические планы правительства и вызывали постоянные дипломатические осложнения. Но вынужденное считаться с казачеством как с реальной силой и учитывая его огромную роль в защите южных границ, правительство до поры до времени признавало казачьи вольности, в том числе и неписаный закон «с Дону выдачи нет», старалось избегать конфликтов с казаками. Стремясь использовать казачество в своих военно-политических целях, поставить его себе на службу, правительство снабжало казаков денежным и хлебным жалованьем, оружием, боеприпасами, во время войн принимало на службу в действующую армию отдельные отряды казаков. Соответственно двойственным было и отношение казачества к правительству, что проявилось и в ходе крестьянских войн.

Условия жизни крестьян, их разобщенность мешали им сорганизоваться и выступить согласованно. Нужно было какое-то ядро, вокруг которого они могли бы объединиться. Таким ядром во время крестьянских войн и становилось казачество, имевшее свою военную организацию. Стоило какому-либо отряду казаков самовольно появиться на территории государства, как было, например, во время похода Василия Уса в 1666 году, сразу же это вызывало подъем антифеодальной борьбы и отряд обрастал восставшими крестьянами и холопами. Еще быстрее это происходило, если казаки предпринимали антиправительственные действия. Надо учитывать также и привлекательность в среде крестьян идеала казачьей жизни. Казачество являлось и катализатором антифеодальной борьбы крестьян, и ее организующим элементом.

Несмотря на то, что казачество формировалось из беглых крестьян, оно представляло собой особую социальную группу со своим комплексом традиций, со специфическими интересами и целями, далеко не всегда и не во всем совпадающими с интересами и целями крестьян. И в войске Разина отсутствовало органическое единство крестьянских отрядов и казацкого ядра повстанческого войска. В романе В. М. Шукшина эта рознь проявляется довольно выпукло во взаимоотношениях крестьянина Матвея Иванова и разинских есаулов, особенно Лазаря Тимофеева: настороженность и недоверие в отношениях друг к другу, постоянные споры и столкновения, взаимное непонимание и, наконец, ничем не прикрытая вражда.

И самому Степану Разину были органически свойственны основные черты казацкой психологии. В его лице перед нами выступает одновременно и вождь восставшего крестьянства, люто ненавидевший крепостнические порядки, и удалой казачий атаман со всем грузом казачьих традиций, обычаев и привычек. Если не учитывать этой двойственности, многое в действиях Степана Разина можно не понять или неверно истолковать. В период наивысшего подъема движения у Разина четко проступают черты защитника простого люда, большие организаторские способности, проявляющиеся во многих его действиях и решениях. Но и в это время в его поведении то и дело проглядывает казацкий атаман, часто он поступает в соответствии с казацкими традициями, даже вопреки интересам дела. Разин не изжил представлений о единстве всего казачества, и это сказалось на линии его поведения в отношении к К. Яковлеву и войсковой верхушке, за что некоторые историки иногда обвиняют его в нерешительности и просчетах.

Читателю романа может показаться странным, неправдоподобным и противоречащим всему облику Степана Разина как народного вожака его поступок в конце битвы под Симбирском, когда он бежит с казаками, бросая на произвол судьбы толпы крестьян. Да, так оно и было на самом деле. Разин здесь поступает в полном соответствии с привычной казацкой тактикой быстрых налетов и столь же быстрых отступлений, если победа не давалась. Здесь перед нами казачий атаман, заботящийся прежде всего о сохранении казацкого ядра войска, здесь проявилось и отсутствие полного единства казаков и крестьян в войске Разина. Это стремление опереться прежде всего на казачество, на Дон выявилось и в поведении Степана Разина после поражения под Симбирском. Крестьянская война в это время продолжает нарастать, а Степан Разин мечется по Дону, пытаясь собрать казаков. Поэтому ничуть не противоречат исторической правде и облику реального Степана Разина слова, которые автор романа вкладывает в его уста: «Мужики — это камень на шею. Когда-нибудь да он утянет на дно. Вся надежда на Дон была…»

Выразившееся в этих словах разочарование Разина в «мужике» имеет исторические основания. Раздробленная и разобщенная крестьянская масса не могла создать прочного единства, не могла подняться до осознания общности своих интересов. Поэтому борьба крестьян принимала стихийный, разрозненный, локальный характер, что не могло не ослаблять всего движения. Автором верно подмечены эти моменты, характерные для всех крестьянских войн в России. И это несмотря на то, что именно крестьянам уделено не так уж много места: они присутствуют в романе толпой (за исключением, пожалуй, лишь Матвея Иванова) и находятся на периферии повествования. В центре внимания автора — казачество, и образы его отдельных представителей, сцены казачьей жизни являются наиболее яркими и впечатляющими.

Вопрос о соотношении стихийности и сознательности в крестьянских войнах, об уровне сознания их участников, о степени осознанности ими целей борьбы является в настоящее время наиболее спорным. В романе в целом достоверно и убедительно показан стихийный, импульсивный характер Крестьянской войны, что находит выражение и в импульсивности многих поступков самого Степана Разина. Однако, как нам кажется, автору свойственно стремление несколько преувеличить степень сознательности рядовых участников движения и особенно его руководителей. Это проявляется в ряде вымышленных эпизодов романа, в интерпретации автором некоторых реальных фактов, в размышлениях Разина о целях борьбы, о царе и царской власти, о религии и церкви. Особенно ярко эта тенденция проявляется в образе Матвея Иванова, которому в романе отведена роль «крестьянского идеолога». Этот образ явно модернизирован: крестьянин XVII века, начисто лишенный царистских иллюзий и совершенно не подверженный влиянию религиозной идеологии, — фигура малореальная. Создается впечатление, что через Матвея Иванова автор делится с читателем своими собственными раздумьями о происходивших событиях, своими оценками этих событий.

Документы и другие материалы того времени, а также конкретные действия восставших позволяют составить представление об основных лозунгах движения, его направленности, о характере общественного сознания крестьянско-казачьих масс. Основным лозунгом восстания, наиболее близким и понятным широким массам, был призыв к уничтожению бояр, помещиков и приказных людей, так как в представлении народа все зло в государстве шло от «бояр и воевод». В таких призывах ярко выразилась антифеодальная направленность восстания, стихийный протест крестьян против феодального гнета. Персонификация социального зла в личностях его конкретных носителей — характерная черта всех восстаний того времени. Так, во время Московского восстания 1648 года повстанцы требовали выдачи на расправу бояр Б. И. Морозова, Л. С. Плещеева, П. Т. Траханиотова, а во время «Медного бунта» — И. Д. и И. М. Милославских и Ф. М. Ртищева. В этом проявлялась наивная надежда на то, что с уничтожением нескольких особо ненавистных бояр восторжествует социальная справедливость.

И в восстании Степана Разина мы видим призыв к уничтожению представителей господствующего класса и царской администрации. Но и здесь присутствуют наивные представления о «плохих» и «хороших» боярах, свойственные и самому Разину. Весьма показательно в связи с этим отношение Степана Разина к князю С. И. Львову. Разин упросил казачий круг помиловать его и пытался представить дело так, будто Львов добровольно перешел на сторону восставших, а переход на сторону повстанцев князя и видного военачальника имел большое агитационное значение.