После тяжелой болезни, перенесенной в январе 1809 г., Клаузевиц в феврале покидает службу адъютанта при принце Августе. Он был произведен в капитаны и переведен в военное министерство и, таким образом, должен был прекратить работу у Шарнгорста. Когда Австрия вела войну против Франции, он так же, как и Шарнгорст и Гнейзенау, страстно желал, чтобы Пруссия выступила на помощь Австрии. Хотя все обстоятельства благоприятствовали этому выступлению и Пруссия со своей 100-тысячной армией могла сыграть решающую роль, прусский меч продолжал оставаться в ножнах. Клаузевиц предвидел возможность того, что Наполеон потребует от Пруссии военной помощи против Австрии. В случае если бы она согласилась на это требование, он хотел сражаться не против своего немецкого отечества, но против Франции под знаменами Австрии.

Однако политические события сложились так, что ему не пришлось покинуть прусскую службу. После заключения Венского мира между Австрией и Францией в октябре 1809 г., когда двор из Кенигсберга возвратился в Берлин, Клаузевиц стал начальником канцелярии Шарнгорста. Когда последний вследствие недоверия к нему французов был отстранен от официального руководства военным министерством (июнь 1810 г.) и остался только начальником генерального штаба и шефом инженерного корпуса, Клаузевиц остался при нем доверенным лицом.

Будучи переведен в генеральный штаб и получив чин майора (в августе 1810 г.), он берет на себя осенью того же года преподавание штабной службы во Всеобщей военной школе. Его работы, относящиеся к этому периоду, показывают, что он уже в это время вполне уяснил себе теорию войны, которую он впоследствии развил в своем основном труде.

В последующий период Клаузевиц, посвященный в самые сокровенные мысли Шарнгорста, разрабатывает планы войны. Важнейший из них относится к февралю 1812 г.; он имел заглавие «Три признания». В первом «Признании» он бичует малодушие, трусость и тупоумие тех, кто без серьезного напряжения надеется на лучшие времена в будущем. Во втором «Признании» он рассматривает политическое положение и говорит о невозможности доброго соглашения между Пруссией и Францией, если только Пруссия не хочет дать уничтожить себя. В третьем «Признании» он говорит о возможности и способах сопротивления. Особенно он здесь останавливается на вопросе об организации ландвера и о значении ландштурма. Какие большие силы придется напрягать врагу, чтобы обезопасить свои коммуникационные линии против ландштурма! Ненависть к врагу и любовь к отечеству побудили автора написать следующие слова: «Дело в том, чтобы за жестокость платить жестокостью, на насилие отвечать насилием. Тогда нам будет легко превзойти врага и заставить его держаться в границах умеренности и гуманности». Ссылаясь на кровопролитную гражданскую войну в Вандее во время революции, Клаузевиц указывает, что ландштурм может действовать не только в горных, но также в лесных и болотистых местностях, которые имеются в Пруссии.

Эти «Три признания» были как бы прощальным словом Клаузевица. Когда Пруссия в феврале 1812 г. все же заключила союз с Наполеоном, он, как и другие выдающиеся люди, вышел из состава прусской армии, чтобы поступить на русскую службу. В пламенных словах в опубликованном им обращении к обществу он заявил, что для него и его товарищей невозможно служить врагу своего отечества, которого они ненавидят от всей глубины души.

2 мая 1812 г. Клаузевиц отправился в Россию. Шарнгорст, пользовавшийся большим влиянием на Александра I, дал ему блестящие рекомендации. Однако он не занял штатной должности в том русско-немецком легионе, который должен был сформироваться под командой изгнанного герцога Петра Ольденбургского. Клаузевиц стал адъютантом генерала фон Пфуля, вюртембержца, перешедшего после Иены с прусской службы на русскую. В походе 1812 г. Клаузевиц участвовал в боях под Витебском и Смоленском в качестве квартирмейстера графа Палена, а потом в свите генерала Уварова в сражении при Бородино, но вследствие незнания русского языка он не мог содействовать операциям. Наконец, находясь в штабе графа Витгенштейна, он принимал участие в операциях между Двиной и Березиной и в дальнейшем преследовании французской армии. Большую заслугу он приобрел себе тем, что в декабре 1812 г. побудил генерала Йорка (который был подчинен французскому генералу Макдональду) заключить с русским генералом Дибичем договор о нейтралитете. Благодаря этому русское преследование могло теперь распространиться до прусской Вислы, и Наполеон не получил возможности оказать здесь длительное сопротивление, при наличии которого дело вряд ли могло бы дойти до Прусского восстания в 1813 г. Какой опыт извлек военный критик из своего участия в этой грандиозной кампании 1812 г., показывают его произведения.

В начале 1813 г., когда возник вопрос о проведении в жизнь планов Шарнгорста о вооруженном народе, Клаузевиц снова отправляется в Кенигсберг. Туда же прибыл из России барон фон Штейн, чтобы сделать необходимые приготовления для удовлетворения потребностей русской армии и перед заключением союза между Россией и Пруссией провести формирование ландштурма и ландвера. Представители сословий в восточной Пруссии в согласии с генералом Йорком, губернатором этой провинции, в совещании с 6 по 9 февраля приняли решение о вооружении народа, главным образом по предложению Клаузевица, и издали «Постановления относительно ландвера в провинциях на правом берегу Вислы литовской, восточнопрусской и западнопрусской».

После этого Клаузевиц находился в Силезии в прусском корпусе, где Шарнгорст был начальником штаба, а Гнейзенау – генерал-квартирмейстером. Несмотря на настойчивые просьбы Шарнгорста, король не принял Клаузевица на прусскую службу, но русские, находившиеся в союзе с Пруссией, командировали его в штаб Блюхера.

В продолжение всего весеннего похода он был начальником канцелярии Шарнгорста, который писал ему: «Я всегда очень ценил Вас… Только с Вами я понимаю сам себя, наши идеи совпадают, и наши планы идут в неизменном направлении». 2 мая Шарнгорст был ранен в сражении при Гроссгершене и через несколько недель скончался. «Армия, государство, вся Европа, – жалуется Клаузевиц, – потеряли незаменимого человека».

Он остался с Гнейзенау на своей прежней службе. Он принимал участие в совещаниях, которые привели к сражению при Бауцене (20 и 21 мая). Даже и теперь, после прекращения военных действий, несмотря на ходатайство Гнейзенау, он еще не был принят на прусскую службу.

Между тем в это время был сформирован русско-немецкий легион и отправлен к устью Одера, где он должен был включиться в состав формировавшейся под начальством шведского кронпринца Бернадотта Северной армии. Клаузевиц состоял при легионе в качестве первого по списку штабного офицера с осени 1812 г.; теперь он вступил в его ряды. (Из этого легиона вместе с сильным британско-немецким легионом, шведской дивизией, мекленбургской и ганзейской бригадами, вольным корпусом Люцева и несколькими казачьими полками был сформирован армейский корпус, всего в составе 27 000 человек.) Им командовал граф Валльмоден Гимборн, бывший в то время русским генералом и отличавшийся, по отзыву Клаузевица, военными способностями. Клаузевиц был его генерал-квартирмейстером. На последующие операции против Даву, войска которого находились под Гамбургом, Клаузевиц имел мало влияния, тем более что Бернадотт не давал Валльмодену свободы для больших передвижений. Несмотря на это, корпус действовал успешно. Даву отказался от попыток овладеть левым берегом Эльбы, ограничившись удержанием линии Лауенбург – Катцебург – Любек, позади которой он сильно укрепил Гамбург. Хотя легион не был призван на главный театр военных действий и был вынужден бездействовать, однако он продвинулся вперед и незадолго до «битвы народов» при Лейпциге прогнал французов из Бремена. В декабре Даву должен был отступить к Гамбургу. Бернадотт преследовал отступавших на Киль датчан, а Валльмоден пытался силами своего корпуса отрезать их от Шлезвига. Когда при Зеештадте, к северо-востоку от Рендебурга, произошло сражение, Клаузевиц надеялся, что датчане будут уничтожены. После того как им удалось открыть себе путь на Рендсбург он писал: «Отвратительное чувство быть близким к такому блестящему успеху и упустить его из рук». В середине февраля 1814 г. русско-немецкий легион отправляется в Нидерланды, где Бюлов и фон Винцингероде с ноября предыдущего года овладевали одним пунктом за другим. Сражений больше не происходило. В конце марта Наполеон под Парижем был побежден союзниками.